Славянка е една от най-интересните във флористично отношение наши планини. Освен разнообразна и реликтна растителност в Славянка има и изключително многообразна флора. Тук си правят среща различни флорни елементи - средноевропейски, бореални и субсредиземноморски, а също така и голям брой ендемичи видове. В планината са установени около 1700 вида висши растения, което е почти 45 % от висшата флора на България.
Поради южното разположение на планината, ниската влажност на почвите и доминирането на мраморните терени в Славянка отсъства пояса на буковите гори. Отсъствието на поясът на алпийската раститилност е в резултат от по-малката надморска височина (2212 м).
В източната и западната част на планината, на височина от 500 до 800 м е развит поясът на широколистните гори. В състава на растителността му участват космат дъб, благун, цер, обикновен, келяв и воден габър, мъждрян, полски и хиркански клен, брадавичест, обикновен и широколистен чашкодрян, офика, плюскач, червена хвойна, шмак, белизма, садина и др. с участие на редица средиземноморски елементи като етруски нокът, червена съсънка, егейски звездан и др. На отделни места се срещат и съобщества от обикновен кестен.
Над този пояс докъм 1900 м е разположен иглолистния. В него участие вземат черен бор, черна мура, ела, тис и балкнския ендемит - бяла мура (Pinus peuce), която расте на варовит терен. Долната част на иглолистния пояс е изградена главно от черен бор още над селата Парил и Голешово. С увеличаването на надморската височина стават преобладаващи насажденията от балканския субендемит черна мура (Pinus heldreichii), която у нас се среща единствено в Славянка и Северен Пирин. Тя формира почти чисти съобщества по стръмните склонове над Хамбар дере, Имчова бара, върховете Койнар, Костадинов връх и се изкачва до 1950 м н. в. В Славянка е запазено най-голямото й находище, отделни екземпляри от която са с възраст 400- 500 г. Изключително богат на ендемични и редки видове е Парилският дол, който представлява дълбока ждреловидна долина с варовикови скали. Рядко в България на едно място има събрани толкова интересни растения, колкото има в тази долина.
Следва безлесния субалпйски пояс, който обхваща вододела на планината и високите върхове от 1950 до 2212 м. Отсъстват клекови храсталаци и съобществата на боровинките, но в него растат голям брой балкански ендемити: скална поветица, пирински чай и много други калцефилни видове. От храстите се срещат: ниска хвойна, черна боровинка, мечо грозде, връшняк, сребърник, котонеастер. Върху мраморни терени в пояса са разпространени също съобществата на гълъбовата гъжва, китайбелиевата острица, пензесовата власатка, перестото коило, балканският зановец. На силикатни терини се срещат съобществата на картъла с чернеещата власатка.
Общо за Славянка балканските ендемити са изключително много (46 вида), докато българските са значително по-малко (8 вида), но за малката територия на планината всъщност те са много.
Български ендемити са - костова тлъстига (Sedum kostovii), мизийска (Bromus moesiacus) и парилска (Bromus parilicus) овсиги, стоянова айважива (Alkanna stojanovii) и иваново подрумиче (Anthemis sancti-johannis), а локални за планината - цоликоферова тлъстига (Sedum zollikoferi.), жлезистовлакнест пащърнак (Pastinaca argyrophylla), шахтова дрипавка (Crepis schachtii ). Балкански ендемити са македонска (Saxifraga ferdinandi-coburgi) и стрибърниева (Saxifraga stribrnyi) каменоломки, главеста жълтуга (Genista subcapitata), златна раменка (Anthyllis aurea), македонски пирей (Festucopsis sancta), дряновска ведрица (Fritillaria drenovskyi), гризебахова (Viola grisebachiana) и пиринска (Viola pirinensis) теменуги, нежен лен(Linum elegans), родопска горска майка (Lathraea rhodopaea), румелийски трахелиум (Trachelium rumelianum), пиндска еспарзета (Onobrichys pindicola) и други. От тях у нас само в Славянка се срещат - дългошпореста теменуга (Viola delphynantha), парилска метличина (Centaurea parilica), славянско котенце (Pulsatilla slaviankae), балкански целолист (Haplophyllum balcanicum),олимпийско изсипливче (Herniaria olympica), мъхната мишовка (Minuartia velutina).